ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO

La finalidad de este apartado es aplicar los recursos bioinformáticos actualmente disponibles en la Red que nos ha ofrecido el Curso de Biocomputación, UAB. A partir de bases de datos moleculares podemos establecer un análisis, alineamiento, comparación y estudio filogenético, etc sobre estos paradigmáticos «genes saltarines». Teniendo en cuenta, que los elementos transponibles, como he explicado, se encuentran en muchos organismos sin conocer bien su función ni como se han insertado ahí, ni sin saber exactamente de dónde proceden, me arriesgo a estudiarlos aún sabiendo que es imposible una discusión unificada de su origen.

Con la disponibilidad de toda esta información biocomputacional, tenemos en nuestras manos un abanico de posibilidades para establecer estudios de muchos tipos como reflejaré más adelante. De momento, para que quede plasmado los análisis que se pueden llevar a cabo, y sobretodo en el tema que trato (origen y evolución del DNA móvil), también me basaré en dos más, serán los siguientes:

                               Origen y evolución de las secuencias Alu.

                                Evolución de IS en bacterias

Primeramente, a partir de las premisas enseñadas en la asignatura de Biocomputación, buscamos información bibliográfica para documentarnos a cerca del tema a investigar. En mi caso, he obtenido esta información en portales de búsqueda como Google Yahoo, y en artículos publicados por revistas de ciencia obtenidos en bases de datos científicas como PubMed (donde encuentro donde han sido publicados los artículos que me interesan). También puedo encontrar estos artículos disponibles en Red (Revistas CNBUC) donde pueden ser leídos y enDecomate.

Una vez en mano esta información, clasifiqué y amoldé toda la página web. La información génica que obtuve fue fundamental para realizar esta investigación. Con este conocimiento a  mi alcance, me dispongo a buscar las secuencias génicas necesarias para llevar a cabo el proyecto. La búsqueda la realicé a partir de dos grandes bases de datos moleculares, como The National Center of Biotechnology Information (GenBank) y European Biotechnology Information (EBI).

El siguiente paso es comparar estas secuencias con otras, a través del algoritmo BLAST  o FASTA y saber si existen en otros organismos para poder compararlas después y saber su evolución, con el algoritmo ClustalW que alinea y establece un análisis comparativo de las secuencias que encontremos con nuestra secuencia . A partir de aquí, podemos establecer una relación filogenética. La reconstrucción del árbol se lleva a cabo con el programa TreeView (os podeis bajar el Software en la página oficial de esta asignatura, aquí).

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